mojaie.github.io

作業環境構築メモ

Last modified: January 05, 2022

アプリケーション

公式サイトからダウンロード

  • Google Chrome
  • Sophos (自宅のみ)
  • Symantec (職場のみ)
  • Box
  • Google Drive (自宅のみ)
  • Sourcetree
  • Zotero
  • InkScape
  • KNIME
  • DeepL
  • Tabula
  • Julia
  • Zoom
  • WebEX
  • Microsoft Office
  • VSCode

App storeからダウンロード

  • Taurine
  • StuffIt Expander
  • Microsoft Remote Desktop

アプリケーション設定

  • Sourcetree

GitHubのOAuth情報をキーチェーンに登録するため以下のコマンドを打つ

git config --global credential.helper osxkeychain

高容量ファイルがDiffされると重くなるので、SourceTreeのDiff設定で*.xml, *.svg, *.json, *.yaml, *.knimeあたりを無視するようにする。

開発環境

localenv

localenvをcloneする。初回git使用時にコマンドラインツールのインストールを促されるのでインストールする。

cd ~/Workspace
git clone https://github.com/mojaie/localenv.git

.zshrcのシンボリックリンクを作成

cd ~
ln -s ~/Workspace/localenv/.zshrc

Homebrew

mkdir .homebrew && curl -L https://github.com/Homebrew/brew/tarball/master | tar xz --strip 1 -C .homebrew
brew update
brew doctor
  • XQuartzが必要であればcaskで入れる。
  • cmakeはmacにデフォルトでインストールされていない。C++ビルドに必須。

  • OpenSSLも何かと必要(MacOSデフォルトはLibreSSL)

    • 実験ノートのタイプスタンプにも使うので最新版を入れてbrew linkしておく
  • rsyncはmacデフォルトにもあるがbrewで3.0系を入れる
  • noclamshellでクラムシェルモードを無効化
# brew cask install xquartz
brew install cmake
brew install openssl
brew link openssl --force
brew install rsync
brew install pirj/homebrew-noclamshell/noclamshell
brew services start noclamshell

VSCode

Extensionを入れる

  • Japanese Language Pack
  • Julia
  • Markdown PDF
  • Render Line Endings
  • zenkaku

Python

  • pyenvとPoetryを使う(Poetry単独だと2.7系のシステムPythonを使おうとする)
  • Julia関連(IJuliaやPyCallなど)はなぜかConda.jlのpythonを推すので要検討
brew install pyenv
pyenv install --list
pyenv install [listで確認したバージョン]
pyenv global [listで確認したバージョン]

# .zshrcでパスを通す
echo -e 'if command -v pyenv 1>/dev/null 2>&1; then\n  eval "$(pyenv init -)"\nfi' >> ~/.zshrc

# poetry
curl -sSL https://raw.githubusercontent.com/python-poetry/poetry/master/get-poetry.py | python
# poetryにパスを通す
# Node風にローカルでパッケージを管理
poetry config virtualenvs.in-project true

# プロジェクトを新規作成する場合
poetry new [project名]

# 既にpyproject.tomlがある場合は、instantiateする
poetry install

以下、現状のローカル環境の構成:

poetry add numpy
poetry add pandas
poetry add scipy
poetry add scikit-learn

poetry add jupyter
poetry add jupytext

poetry add seaborn
poetry add plotly
poetry add kaleido  # plotly用

poetry add python-dotenv
poetry add PyYAML
poetry add simplejson
poetry add xlsxwriter
poetry add selenium
poetry add chromedriver-binary-auto  # Selenium用。自動で適切なバージョンのChrome driverが入る



### Julia

- Mac版公式アプリケーションをダウンロードしてインストール
- 実行可能バイナリにパスを通す(localenvの.zshrcに記載済み)
- デフォルトプロジェクトに必要なライブラリをインストール

add IJulia add Revise

add BinaryBuilder

add PackageCompiler

add Plots

add MassInstallAction

Jupyterのカーネルが登録されているか確認

poetry run jupyter kernelspec list

カーネルが入ってないことがある?一旦プレコンパイルが必要?(要確認)

using IJulia

#### TODO: カスタムデフォルトsysimageからの起動

cd $LOCAL createsysimage(:Plots, sysimagepath=“sysimage/sysplots.dylib”, precompileexecutionfile=“script/precompileplots.jl”)

### Node.js

brew install node npm install -g yarn yarn global add eslint

### PyMol

- TODO: ラボォ氏のテキストを参考に構築、もしくはDocker

brew install homebrew/dupes/tcl-tk —enable-threads —with-x11 # for PyMol brew install python —with-brewed-tk # for PyMol brew install homebrew/science/pymol

### その他

- TODO: gromacsとかpsi4のdocker



### KNIME

Install KNIME Extensions...で下記拡張をインストール

#### 必須

- KNIME Python Integration

  Preferences->KNIME->Pythonという項目ができているので、Python3のところに.venv内のpythonのパスを設定する(browseからpythonを選択するとエイリアスではなく参照元が設定されてしまうので、.venv内のpythonのパスを手打ちする)

- KNIME Report Designer

  レポート自動化

- KNIME Data Generation

  データ生成(連番など)

- KNIME Base Chemistry Types & Nodes

  SDFile読み書きなど

#### 評価中

- KNIME Python Integration (Labs)
- KNIME Modern UI Preview
- KNIME Plotly

- KNIME Testing Framework UI

  テスト用ノード
  
- KNIME HCS Tools

  Z-score, RZ-score 不要かも

- KNIME Image Processing
- KNIME Image Processing - Python Extensions

  プレート統計、ヒートマップなど。まだ使うか微妙

- Streaming Execution

  ストリーミング(非同期実行)ができるようになる。


#### Windows編

基本的には上記そのままインストール可能

- Pythonはminicondaをインストーラでインストールして、minicondaルートを指定
- conda installで必要なライブラリをインストール
  - Plotlyはorcaにパスを通す必要あり
    - conda install -c plotly plotly-orca
    - Windowsの環境変数でminicondaのルートを指定
  - conda install seaborn



### Legacy

#### Atom

VSCodiumへ移行済み。以下2019年以前の設定。

設定ファイルの共有

cd ~/.atom ln -s ~/Workspace/localenv/atomsettings/config.cson ln -s ~/Workspace/localenv/atomsettings/styles.less ln -s ~/Workspace/localenv/atom_settings/init.coffee

パッケージのインストール

- language-julia
- language-latex
- language-restructuredtext(不要？)
- latex
- linter
- linter-eslint
- linter-flake8
- linter-htmlhint
- show-ideographic-space
- split-diff
- rst-preview-pandoc(不要？)

テーマのインストール

- seti-ui アイコンが良い
- predawn-syntax 見やすい


#### その他旧conda時代のPython環境

condaは使わない。RDKitはDocker使用。

conda install rdkit -c rdkit # vegaが先だとコンフリクトする？

Python開発

conda install sphinx

sphinxcontrib-napoleonはビルトインになった

conda install sphinxrtdtheme conda install twine -c conda-forge conda install wheel -c conda-forge

Networkx2対応python-louvain

pip install git+https://github.com/taynaud/python-louvain.git@networkx2

### LaTeX

- MacTeX公式からBasicTeX.pkgをダウンロードしてインストール
- /Library/TeX/texbinにパスを通す
- TODO: brew cask install mactex
  - ghostscriptもこれで入るらしい

sudo tlmgr update —self —all # なんかエラー出る sudo tlmgr install latexmk # pdf出力 デフォルトで入ってない sudo tlmgr install achemso # ACSのフォーマット sudo tlmgr install mhchem # achemso必須 sudo tlmgr install chemgreek # achemso必須 sudo tlmgr install mciteplus # achemso必須

Author: Seiji Matsuoka