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PSI4メモ

Last modified: February 19, 2021

2016年ごろの情報なので注意。TODO: 情報の更新

インストール

cd /Users/smatsuoka/Workspace
git clone --recursive https://github.com/psi4/psi4.git
mv psi4 psi4source
cd psi4source

./setup --accelerate -D ENABLE_CHEMPS2=OFF -D BUILD_CUSTOM_BOOST=TRUE --prefix /Users/smatsuoka/Workspace/psi4 build
  • MacのBLAS/LAPACK用Accelerate.Frameworkを使うので —accelerate
  • ENABLE_CHEMPS2=OFFしないとビルドできない
  • Boost v1.60非対応なのでBUILDCUSTOMBOOST=TRUEして古いバージョンをビルド
cd build
make -j`getconf _NPROCESSORS_ONLN`
make install

コンフォメーションは？

Tinker検討
http://dasher.wustl.edu/tinker/

for Ubuntu

sudo apt-get install psi4  # ただしバージョンはbeta5

cmake

sudo apt-get install cmake  # デフォルトでcmakeが入ってないしapt-getだとバージョンが低い
cd ~/
wget https://cmake.org/files/v3.5/cmake-3.5.2.tar.gz
tar xvf cmake-3.5.2.tar.gz
cd cmake-3.5.2
./configure
make
sudo make install
which cmake  # -> /usr/local/bin/cmake

BLAS/LAPACK

sudo apt-get install libopenblas-base  # プリインストールのBLASは遅いのでOpenBLASを入れる
sudo update-alternatives --config libblas.so.3  # どのBLASを使っているか確認
sudo apt-get install liblapack-dev  # LAPACKの性能はBLASほどcriticalではないらしい
  • openblasはどうも対応してないっぽい(バグ？)
  • ATLASならシングルコアだけどbuiltin-BLASのマルチコアくらいの速度出る（６倍）
  • sudo apt-get install atlasに必要なもの
  • ATLASはpsi4セットアップ時に自動認識される

PSI4

git clone --recursive https://github.com/psi4/psi4.git

./setup -D ENABLE_CHEMPS2=OFF -D BUILD_CUSTOM_BOOST=TRUE --pcmsolver on --fc gfortran --prefix /opt/psi4
  • PCMSolverは後から入れられないのでここで入れる
  • gfortranの指定も必要
cd objdir
sudo make -j`getconf _NPROCESSORS_ONLN`
sudo make install

sudo apt-get install python-numpy  # 必須

bash_profile設定

export PSIPATH=/opt/psi4
export PATH=$PSIPATH/bin:$PATH
export PSIDATADIR=$PSIPATH/share/psi4  # shareフォルダの場所
export PSI_SCRATCH=~/psi4ws/tmp  # 作業ディレクトリ 書き込み権限がある場所

VMD(Macクライアント)

  • 公式サイトからdmgを落としてアプリケーションフォルダに突っ込む
  • imagemagick必須? (Montage使わなければ不要？)
brew install imagemagick
Author: Seiji Matsuoka