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Singularityインストールメモ

Last modified: December 20, 2021

環境

  • Ubuntu 20.04.3 LTS

  • MacOS 11.6.1

    • HomeBrew 3.3.8
    • Vagrant 2.2.19
    • singularity-ce version 3.9.0

MacにSingularityをインストール

公式
https://sylabs.io/guides/3.9/admin-guide/installation.html#installation-on-windows-or-mac

$ brew install --cask virtualbox vagrant vagrant-manager

途中で止まるので、システム環境設定->セキュリティとプライバシーからOracle America, Inc.を許可する。

VM用フォルダを作成して移動、vagrant起動。VMのダウンロードが3GBくらいあるので注意。

$ mkdir vm-singularity-ce
$ cd vm-singularity-ce
$ vagrant init sylabs/singularity-ce-3.9-ubuntu-bionic64

VirtualBoxの有効化に一旦再起動が必要。再起動しないと以下のようにBooting VMで止まる。

==> default: Booting VM...
There was an error while executing `VBoxManage`, a CLI used by Vagrant
for controlling VirtualBox. The command and stderr is shown below.

Command: ["startvm", "dfba51e9-b76e-45bc-95d5-317f9f66156e", "--type", "headless"]

Stderr: VBoxManage: error: The virtual machine 'vm-singularity-ce_default_1639961910582_55602' has terminated unexpectedly during startup with exit code 1 (0x1)
VBoxManage: error: Details: code NS_ERROR_FAILURE (0x80004005), component MachineWrap, interface IMachine

インストールし直す場合は一旦vagrant destroy、rm Vagrantfileしてから再度vagrant init

$ vagrant destroy
$ rm Vagrantfile

仮想環境に接続して、インストールできていることを確認。

$ vagrant ssh
vagrant@vagrant:~$ singularity version
3.9.0
$ vagrant logout

その他vagrantのコマンド

  • vagrant reload: 既にVMが動いている時に、変更したVagrantfileを反映させる
  • vagrant suspend: VMを一時停止する。upで再開
  • vagrant halt: VMをgracefully shutdownする

デフォルトでは、プロジェクトフォルダ(上記手順のvm-singularity-ceフォルダ)が仮想環境の/vagrantフォルダ(環境によっては/home/vagrant)としてマウントされている。

Vagrantfileのconfig.vm.synced_folderを編集してサーバ開発環境を追加でマウント、vagrant reload

config.vm.synced_folder "/Users/hoge/Workspace/serverenv", "/home/vagrant/serverenv"

singularity-composeをインストール

sudo apt update
sudo apt install python3-pip
pip3 install singularity-compose
export PATH=$PATH:/home/vagrant/.local/bin
singularity-compose up

未解決

  • singularity-composeがまだよくわからない。singularity自体がオーケストレーション用途ではないと思うので今後どうなるかわからない。
  • コンテナ同士の相互作用を考えるよりはdefファイルでいろいろまとめて一つのイメージとしてデプロイしたほうがいいかもしれない。
  • Singularityは今後Sylabs社が企業向けのパッケージやSingularityCEと呼ばれるオープンソース版の開発を続け、従来のSingularityはLinuxのプロジェクトとして別系統で開発され、Apptainerという名称になるらしい…厄介…
Author: Seiji Matsuoka