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環境 Ubuntu 22.04.1 ログ pythonがないらしいのでpython3のリンクを作成 なんかpkg_resourceのバージョン認識がおかしい… 仕方がないのでpython2で入れてみる 謎

(2022/03/14更新) : タイムスタンプ情報の抽出方法が間違っていたので修正しました。 (2022/08/23更新) : タイムスタンプの有効期限について追記しました。 要点 電子実験ノート(ELN)が欲しかったのでオープンソースのものでDIYしました VSCodeのM…

環境 MacOS Monterey 12.5.1 pyenv 2.3.3 Python 3.10.6 現象 pyenvでpython 3.10.6をインストール 以下出力。lzma libがないのでは?というwarningが出る。 解決 公式トラブルシューティング https:…

環境 クライアント: MacOS 11.6.1 F5 VPN サーバ: Ubuntu 20.04.3 LTS Docker Engine 20.10.12 Docker Compose 1.25.0 構成 自宅MacからVPNで職場のネットワークにあるサーバに接続 サーバはPo…

アプリケーション 公式サイトからダウンロード Google Chrome Sophos (自宅のみ) Symantec (職場のみ) Box Google Drive (自宅のみ) Sourcetree Zotero InkScape KNIME DeepL Tabula Ju…

環境 MacOS 11.6.1 HomeBrew 3.3.8 VirtualBox 6.1.30 Vagrant 2.2.19 VirturalBox, vagrantインストール 途中で止まるので、システム環境設定->セキュリティとプライバシーからOracle America…

環境 Ubuntu 20.04.3 LTS MacOS 11.6.1 HomeBrew 3.3.8 Vagrant 2.2.19 singularity-ce version 3.9.0 MacにSingularityをインストール 公式 https://sylabs.io/g…

Juliaのパッケージ管理のメモです。 JuliaRegistratorのインストール JuliaRegistratorはGitHub appsで、下記サイトからインストールする。パッケージの更新(新規作成またはバージョンアップ)を公式レジストリに知らせるツール。 https:…

環境 MacOS: 11.5 Docker Desktop: 3.5.2 PostgreSQL: 13.3 ChEMBL: 29 ChEMBLダウンロード Downloads https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-document…

Juliaをマルチスレッドで動かす場合は起動時にスレッド数を指定しておく必要があります。Jupyter Notebookでマルチスレッドを使用する場合は、新しくマルチスレッド用のカーネルをインストールします。 最初の引数は表示名(Notebookで表示される名前)です。表示名に…

ディスプレイを接続している状態でMacBookを閉じると本体がスリープにならないいわゆるクラムシェルモード(clamshell mode)になります。外付けキーボードを接続して作業する場合などは便利なのですが、そうでない場合はMacBookを閉じてもスリープにならないので不便で…

GitHubのプルリクエストをローカルでテストする CLIからフェッチする。一旦フェッチするとSourcetreeからでも見ることができる。 ｀git fetch origin pull/プルリクエスト番号/head:ユーザ/ブランチ｀ Checking out pull re…

2014年ごろの情報なので注意。TODO: 情報の更新 LaTeX導入 http://www.tug.org/mactex/index.html からMacTeX-2013(MacTeX.pkg)をダウンロード インストーラ起動 カスタマイズでTeXLiveのみインストール h…

2016年ごろの情報なので注意。TODO: 情報の更新 インストール MacのBLAS/LAPACK用Accelerate.Frameworkを使うので —accelerate ENABLE_CHEMPS2=OFFしないとビルドできない Boost v1.60非対応なのでBUI…

2014年ごろの情報なので注意。TODO: 情報の更新 PyMOLインストール Xquartz必須なのでなければインストール python, tcl, tkがすでにある場合は brew uninstall pythonするとpep8, mccabeなどがeggを残して消えてしま…

2016年ごろの情報なので注意。TODO: 情報の更新 Boost rdkit用にはpythonとregexだけでいいけど、brewは全てのライブラリをビルドする boostをHomebrewのcacheから持ってくる bash_profileにBoostのパスを追記 RDki…

macOS Catalina 10.15.7 でeLabFTWのタイムスタンプをopensslで検証しようとしたらess signing certificate errorになってしまった。 理由はわからないが、下記OpenSSLのissueにあるように、認証局(dfn.de)…

2021年1月時点で、Travis等を使用する従来のCIワークフローからGitHub Actionへの移行が徐々に進んでいます。MassInstallActionというパッケージを使うと複数のライブラリのCIワークフローを自動的にGitHub Actionへ移行することができま…

カラーユニバーサルデザイン推奨配色セット http://jfly.iam.u-tokyo.ac.jp/colorset/ CSS Color Module Level 3 https://www.w3.org/TR/css-color-3/ アクセントカラー 赤 CUD推奨 …

創薬 (dry) Advent Calendar 2020 14日目の記事です。 MolecularGraph.jlというJuliaパッケージの最近のアップデートについてです。下記リンクは開発開始当初の2年前の記事になります。 Juliaでケモインフォマティクス - Qiita…

文献検索用 Web of Science https://www.webofknowledge.com J-GLOBAL https://jglobal.jst.go.jp/ PubMed https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ 文献紹介用 一般 Pr…

gatsby-imageで生成された画像ファイルがpublicのどこに保存されているのかわからなかった。 環境 gatsby: 2.21.16, gatsby-image: 2.4.2 frontmatterでTwitter cardに使う画像を設定する frontmatter…

KNIMEのワークフローを運用する上で、ノードの設定にパラメータ(変数)を持たせておいて状況に応じて変更したいケースがあります。 フィルターの閾値を調整してデータセットのサイズを変えたい 機械学習のパラメータを変更してパフォーマンスを比較したい REST APIのユーザ認証情報…

nbextensions Jupyter Notebookに数々の拡張機能を追加できるnbextensionsですが、2020年10月時点で既にプロジェクトは不活発のようです。既にJupyterの最新版にはほとんどの拡張が対応していないので、あえて使用する意味はあまりなさそうで…

環境 Ubuntu 20.04.1 LTS (GNU/Linux 4.15.0-112-generic x86_64) Docker Ubuntu環境にDockerをインストール Install Docker Engine on Ubuntu https://docs.dock…

しばらくJuliaを使っているとホームディレクトリの.juliaフォルダに保管されたパッケージやアーティファクト(パッケージとして利用できるビルド済みバイナリ)が増えてきてディスク容量を圧迫しはじめます(Mac OS Xの場合、このMacについて->ストレージ->管理でディスク…

PackageCompilerでJuliaのパッケージをコンパイルして共有ライブラリを作成します。 参考: https://julialang.github.io/PackageCompiler.jl/dev/ パッケージをコンパイルする目的 JITコンパイルの待ち時間を無くす…

前提 サーバ: Ubuntu 16.04 クライアント: MacOS 10.15.5 SSHキーの作成 毎回パスワードでログインも可能だが、SSHキーを生成しておいた方が楽かつ安全。 -t オプション: 暗号化アルゴリズム(RSA) -b オプション: バイト数。長いほど安全 …

職場からしかアクセスできないシステム(IPでアクセス制限がかかっている)を自宅からVPN経由で使うためプロキシサーバを建てたときの備忘録。 前提 VPNクライアントは職場から提供されている 職場のUbuntu 16.04にプロキシサーバをインストール アクセスしたいシステムは職…

在宅なのでリモートでアップデートしました。あまり推奨はされないらしいです。 How to upgrade from Ubuntu 18.04 LTS to 20.04 LTS today https://ubuntu.com/blog/how-to-upgrade-from-…

環境 MacOS 10.15.5 Docker desktop 2.3.4.0 HomeBrew、CMakeがインストール済み(brew install cmake) HomeBrewのopensslの場所はoptディレクトリで指定する poptとopensslはオプション。不…

Juliaのパッケージ開発に関する小ネタ集。 増えてきたらそれぞれ個別記事を作成予定。 Ref{T}とPtr{T} RefもPtrもメモリアドレスを指し示す値を格納するオブジェクトの型 それぞれC++における参照とポインタの概念に近い? Ref Refによる参照はで作成 参照先…

環境 MacOS 10.15.5 Docker desktop 2.3.4.0

PostgreSQLのデータベースは予め作成しておく必要がある。 GenieとSearchLight(ORM)のインストール 起動スクリプト シンプルなAPIのバックエンドの例 https://geniejl.readthedocs.io/en/latest/guides/Si…

InChIについて IUPACとNISTが開発し、InChI Trustが開発継続中 InChI Trust https://www.inchi-trust.org InChIは化学構造式から一意に決まる文字列 同じ構造式からは必ず同じInChIが生成される 異なる構造式から同…

環境 サーバ: Ubuntu 20.04.1 LTS Docker 20.10.1 インストール ほぼ公式ドキュメントに沿ってインストール GROWI Docs https://docs.growi.org/ja/ docker-composeの設定を確認しておく。デフォルトの…

Dockerのインストール Docker desktopをインストールしてデーモンを起動しておきます。 Minikubeのインストール (2020.06.05追記) Docker desktopにkubernetesが含まれるので、minikubeをインストールしなくても、Do…

化学構造を電子データとしてコンピュータで取り扱う方法の、特にグラフ理論に関連した部分についてまとめたものです。 化学構造とグラフ理論(1): 化学のデータを取り扱う 化学構造とグラフ理論(2): 分子グラフモデル

C/C++のライブラリを公開リポジトリに登録してJuliaのパッケージとして使用する方法です。BinaryBuilder.jlで設定ファイルを作成し、Yggdrasilを通じてJuliaBinaryWrappersにパッケージ登録します(Julia 1.3以降)。 おおまかな流…

分子グラフモデル 分子のトポロジーを表現するデータ構造として、分子グラフ(molecular graph)がしばしば用いられます。ここで言うグラフとは、頂点(ノード、node)とそれらを結ぶ辺(エッジ、edge)から構成されるデータ構造のことです。 グラフ(データ構造) - W…

ある試薬を購入したい時(あるいは購入可能かどうか知りたい時)、我々は試薬メーカーのオンラインカタログにアクセスして目的の試薬を検索します。また、発見した化合物が既に報告されていないか確認するために、文献データベースにアクセスして、関連する文献の情報を収集します。このように、化学…

Gatsbyでこのサイト(mojaie.github.io)を構築した際の備忘録です。 Gatsby http://gatsbyjs.org/ 導入経緯 ブログ用の静的サイトジェネレータとしてJekyllを以前使用していましたが、機能拡張のために新しくRubyを習得するのが面倒…

表面プラズモン共鳴(SPR)に関する学習リソースのまとめです。随時更新。 Webページ SPR pages https://www.sprpages.nl/ Dr.津本 相互作用解析の王道（GE Healthcare）https://www.gelifesciences.co.…

創薬、インフォマティクス関連の技術記事やDIY、料理の備忘録としていきたいと思います。 よろしくお願いいたします。